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如何落下“魔剪”

 2018/12/6 10:50:22 《最新论文》 作者:Genome Biology 我有话说(0人评论) 字体大小:+

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Genome Biology下半年的基因编缉专辑已于2018年11月1日顺利上线,虽然目前仍有一些稿件在紧张地筹备制作当中,我们希望能用这十几篇已经上线的系列文章为各个领域的基因编缉合成生物学研究作好基石,同时为大家展现基因编缉领域最新的生物学发现。

三维基因组研究一直是基因组学领域内的热点也是难点。

基因编缉技术在这个方向上为三维基因组的发现提供了一个新的验证方法,本期专辑中来自美国南加州大学的Peggy J. Farnham 研究组首先应用前列腺癌GWAS以及三维染色质互作数据库找到前列腺癌中作用于远程调控的增强子及CTCF位点,再使用基因编缉手段将这些位点一一敲除,从而发现两个相关位点对同一个基因的多重调控机制。

阅读论文:

CRISPR-mediated deletion of prostate cancer risk-associated CTCF loop anchors identifies repressive chromatin loops

CRISPR-Cas9介导的全基因组筛查是肿瘤功能基因组研究的最新利器。

本期专辑刊登了荷兰肿瘤研究所Reuven Agami研究组开展的原癌基因介导衰老通路上的增强子筛查,并发现AP1结合位点在这些增强子中尤为富集。研究者们通过报告基因测试验证了其中一个新发现增强子的功能,并找到了下游的靶向调控基因FOXF1。

阅读论文:

Functional CRISPR screen identifies AP1-associated enhancer regulating FOXF1 to modulate oncogene-induced senescence

传统的基因编缉使用CRISPR-Cas9从基因组中移除基因来完成基因敲除的效果,常常有着脱靶编辑的问题。

单碱基编辑被公认为脱靶编辑较少的技术,在2017年夏天Nature Methods就发表了名为CRISPR-STOP的技术去诱导终止子提前产生,从而达成基因敲除的效果。来自美国伊利诺伊大学的Pablo Perez-Pinera研究组提出利用C>T单碱基编辑器来诱导外显子跳读效果,从而达到基因敲除的目标。

阅读论文:

CRISPR-SKIP: programmable gene splicing with single base editors

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(来源:Genome Biology)